Es gibt mehrere Brennstoffzellen-Typen, die für unterschiedliche Anwendungen zum Einsatz kommen.

Am verbreitesten ist die Polymer Elektrolyt Membrane (PEM) Brennstoffzelle. Hier gibt es verschiedene Typen:

• Konventionelle Niedertemperatur PEM-BZ arbeitet mit reinem Wasserstoff und bietet hohe Leistungsdichten. Wasserstoff ist aber nicht immer vorhanden. Wird Reformatgas genommen, muss es gründlich und aufwendig gereinigt werden, damit die BZ keinen Schaden nimmt.

• Hochtemperatur PEM-BZ bieten eine gute Leistung an, sind befeuchtungsunabhängig und können ohne gründliche Gasreinigung betrieben werden. Brennstoffzellen können einfacher und kostengünstiger werden.

• Direktmethanol-Brennstoffzellen können direkt mit Methanol betrieben werden, haben aber eine niedrige Energiedichte und hohe Kosten.

Zusätzich gibt es noch andere Technologien, vor allem die alkalische BZ für Raumfahrtanwendungen sowie Phosphorsäure, Karbonatschmelze und Festoxid-Brennstoffzellen für größere stationäre Anwendungen.